此《吕祖全书》由清代刘体恕汇辑作三十二卷，后由邵志琳增辑为六十四卷。这是一部汇辑有关吕洞宾之事迹、神话传说及著作，反映吕洞宾道教思想的专题丛书。此为清乾隆四十年武林王履阶刊本，是清代南方地区对于吕洞宾思想与信仰的一种文化体现。
清乾隆四十年增订的邵本《吕祖全书》，一方面是以刘氏德馨堂旧本三十二卷作为基础，几乎保留了全部刘氏旧本原来收录的吕祖事蹟、文集及各种降鸾道经；另一方面，邵本又特别采集和增补了江浙地区各所吕祖乩坛所收藏的吕祖降鸾道经。邵志琳〈增辑重梓序〉指出，其增辑本与刘本相异的地方是：「将〔刘本〕字句舛讹者正之，卷帙参差者序之。于原本三十二卷外，复又采辑遗书，增订为六十四卷。」 另外，在其所撰〈凡例〉中，邵志琳亦重申其六十四卷本的基本内容结构：「是书刘氏德馨堂旧本三十二卷，外附《禅宗正旨》一卷，不列全书之内。今增订为六十四卷，装潢二十八册。其标注格式，一仍刘本，惟序次则小异。」 概括而言，邵本对刘氏三十二卷本的序次，作了以下几方面的改动：邵志琳把三十二卷本外附的《禅宗正指》正式收入全书之内，上、中、下三卷《禅宗正指》分别编成为第六十一、六十二和六十三卷；邵志琳在〈凡例〉中说：「《灵宝毕法》，刘本因其晚出，续于卷末。」 邵本将三卷《灵宝毕法》编成第二十九、三十和三十一卷；邵志琳将刘本原来的第十九卷《圣德诸品经》和第二十卷《金丹直指诸品经》合并为上、下两卷本的《圣德诸品经》，即六十四卷本中的第十五和十六卷，并在《圣德诸品经》下卷补增《吕祖道德经》。然而，除了保留原来刘本所收录的各种吕祖道经之外，邵本增补的新道经，不单数量可观，同时亦反映出清初以来，江南一带地区吕祖信仰和乩坛的发展及其地方特色。换言之，我们可以从邵本所增补的吕祖降鸾道经，探讨苏州、浙江等江南地区吕祖乩坛的历史概况。很显然，邵本的江南道教吕祖乩坛的特色与其编纂者的地方背景有密切的渊源关系。蔡来鹤是增补和重镌《吕祖全书》的发起者，他是杭州人，吴门儒生，后好慕养生之道，更于西湖南岸建立精舍，称天香阁，敬奉文昌帝君和吕祖。并且，在蔡来鹤、邵志琳、王云轩等参与下，建立了乩坛，称为「桂香集」。由于缺乏资料，未知天香阁精舍与桂香集的关系。但可确知，桂香集乩坛弟子有直接参与邵本《吕祖全书》的编纂计画。邵志琳在〈增辑重梓序〉记称：「〔琳〕慕祖师德教，不欲效世俗纨袴习，同里有殳执王君云轩，好善乐施，不惜赀费，偕予桂香集友，重刻文帝全书。次年书成，王君又欲继镌祖师全书。」此外，邵志琳亦记录了重辑邵本《吕祖全书》的桂香集参与成员的名单：「武林桂香集重镌本捐梓姓氏：王世陛云轩；桂香集重镌本增辑姓氏：邵志琳万善；桂香集重镌本誊录姓氏：俞伦赤如；桂香集重镌本监梓姓氏：蔡来鹤静一。」
邵本增补的吕祖道经的降鸾地区分布来看，主要有湖州、苏州、杭州和常州（即毘陵）等江南地区的吕祖乩坛，而其中采集最多的是从湖州云巢精舍求得的吕祖鸾书，包括有：《金丹示掌初编》、《金刚经注释》、《名坛新咏》（部分）、《语录会粹》（部分）、《儒道同源》、《群言会粹》、《金丹种子》、《警世功过格》及《金丹救劫度人宝忏》，共计九种道经，而大部分吕祖在云巢精舍降鸾授经的时间则集中在乾隆二十八年至三十九年的十年间。（参考：黎志添：清代四種《呂祖全書》與呂祖扶乩道壇的關係
吕祖全书叙述略（王履阶撰）、重刻吕祖全书序（彭启丰撰）、吕祖全书序、吕祖全书重梓序（赵金简撰）、吕祖全书重梓序（沈吴坤撰）、吕祖全书增辑重梓序（邵志琳撰）、重刻吕祖全书序（王履阶撰）
凡例、总目
吕祖全书原序（陈惠荣撰）、吕祖全书原序（刘体恕撰）、吕祖全书原序（黄诚恕撰）
姓氏、吕祖全书本传小序
卷一：吕祖本传
卷二：灵应事迹
卷三：忠诰
卷四：孝诰
卷五：前八品仙经上
卷六：前八品仙经下
卷七：后八品仙经
卷八：五品经
卷九：清微三品经上
卷十：清微三品经中
卷十一：清微三品经下
卷十二：参同经上
卷十三：参同经中
卷十四：参同经下
卷十五：圣德诸品经上
卷十六：圣德诸品经下
卷十七：醒心经
卷十八：广慧超劫经
卷十九：延生证圣真经
卷二十：先天一气度人妙经
卷二十一：孚佑帝君心经
卷二十二：金丹示掌初编
卷二十三：三宝新镫上
卷二十四：三宝新镫下
卷二十五：训世文
卷二十六：金刚经注释上
卷二十七：金刚经注释下
卷二十八：玉枢宝经赞附或问
卷二十九：灵宝毕法小乘
卷三十：灵宝毕法中乘
卷三十一：灵宝毕法大乘
卷三十二：修真传道集上
卷三十三：修真传道集下
卷三十四：文集上
卷三十五：文集中
卷三十六：文集下
卷三十七：葫头集上
卷三十八：葫头集下
卷三十九：涵三杂咏
卷四十：涵三语录
卷四十一：指玄篇
卷四十二：浑成篇
卷四十三：名坛新咏
卷四十四：语录会粹
卷四十五：福报指南
卷四十六：儒道同源
卷四十七：群言会粹
卷四十八：药石制
卷四十九：太乙金华宗旨
卷五十：金丹种子篇
卷五十一：警世功过格
卷五十二：十戒十行
卷五十三：度厄救劫救苦涤氛四神咒
卷五十四：雪过修真仙忏
卷五十五：敲爻歌沁园春百字碑注解
卷五十六：广化真经
卷五十七：治病仙方决疑签诗
卷五十八：金丹救劫度人宝忏
卷五十九：慈航无极宝忏
卷六十：证道成真心忏
卷六十一：禅宗正指上
卷六十二：禅宗正指中
卷六十三：禅宗正指下
卷六十四：吕祖诰
题：武林王履階敬刻 呂祖全書 钱塘邵志琳增辑 板貯西湖瑪瑙講寺南房
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